Mae cysylltiad Sanclêr â’r môr yn mynd yn ôl mor bell â’r 12fed ganrif o leiaf, pan yr hwyliodd y Normaniaid i fyny’r afon yn eu llongau hirion gan gyfnerthu eu concwest trwy godi castell.
Cyfeiriwyd at longau a marsiandïwyr Sanclêr mewn dogfennau canoloesol ac o’r 16eg a’r 17eg ganrif, rodd Sanclêr yn rhan o’r patrwm masnachol cynyddol ar hyd yr arfordir â chyda gwledydd tramor; hyd at ddiwedd y 19eg ganrif roedd bywyd masnachol Sanclêr yn dibynnu’n drwm ar gysylltiadau â’r môr.
Ymhlith y mewnforion ‘diwydiannol’ roedd cerrig, glo a choed (o borthladdoedd y Baltig). Arferid mewnforio sawl math o nwyddau i’r cartref megis lliain a dillad, sosbenni a phadelli, sebon, canhwyllau, nwyddau gwydr, cyllyll, nwyddau haearn a dillad ar y llongau, yn bennaf o Fryste. Ar y llaw arall, cynnyrch amaethyddol oedd trwch yr allforion o Sanclêr - þd, menyn a chaws. Ymhlith yr allforion yn y ddeunawfed ganrif roedd mwynau plwm o byllau Llanfyrnach.
Yn y 19eg ganrif, daethai llongau hyd at 250 tunnell i fyny’r afon ar adegau llanw mawr ac fe fyddai cychod megis y ‘Betsy’, ‘Penelope’, a ‘Lively’ yn cludo teithwyr i Fryste bob pythefnos.
Yn sgîl gwelliannau i’r ffyrdd ac adeiladu’r rheilffordd ym 1853, gwelwyd dirywiad graddol yn hanes y porthladd a symudodd y ganolfan fasnachol i gyfeiriad Sanclêr ‘uchaf’, er fod rhyw gymaint o nwyddau wedi parhau i gael eu cludo ar y môr hyd at ddiwedd yr 1920au. Mae crefft hynafol pysgota cwrwgl yn dal yn fyw, ac mae’r afon heddiw hefyd yn cael ei defnyddio’n helaeth gan gychod pleser o bob math.
